پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی،وی گذشته از انجام وظایف روزانه،به عنوان سرپرست انجمن اسلامی پایگاه هوایی اصفهان،به پاسداری از دستاوردهای انقلاب پرداخت.

شهید بابایی در هفتم مرداد ماه 1360 از درجه سروانی به سرهنگ دومی ارتقا پیدا کرد و به فرماندهی پایگاه هشتم اصفهان برگزیده شد.وی در نهم آذرماه 1362،ضمن ترفیع به درجه سرهنگ تمامی،به سمت معاونت عملیات فرماندهی نیروی هوایی منصوب گردید و به ستاد فرماندهی در تهران عزیمت کرد.

سرانجام در تاریخ هشتم اردیبهشت ماه 1366 به درجه سرتیپی مفتخر شد و در پانزدهم مرداد ماه همان سال،درحالی که به درخواست ها و خواهش های پی در پی دوستان و نزدیکانش مبنی بر شرکت در مراسم حج ان سال پاسخ رد داده بود،برابر با روز عید قربان،درحین عملیات برون مرزی به شهادت رسید.1

شهید،سرلشگر خلبان،عباس بابایی در هنگام شهادت37 سال داشت.از او یک فرزند دختر به نام سُلما و دو فرزند پسر به نام های حسین ومحمد به یادگار مانده است.

1: شایان ذکر است که شهید بابایی،علی رغم درخواست ها و دعوت های هرسالۀ اطرافیان، در هیچ سالی به حج نرفت.از نزدیکان او نقل است که وی چند روز قبل از شهادت،در پاسخ به پافشاری های بیش از حد دوستانش،گفته بود:«تا عید قربان خودم را به شما 

می رسانم.» و شگفت اینکه شهادت او برابر با روز عید قربان بود.